自(zì )(🈯)西(xī )元20XX年(nián )(⛲)，人类从(📼)肯亚(yà )图尔(ěr )卡纳湖(hú )的(🕋)湖畔挖出了一个名叫索(🎺)哈(hā )尔(Zohar)的物体之后(🥩)，便开始对它(👋)进(jìn )(⏬)行研究(❣)，后来(♑)有人重(🚤)建(jiàn )出来(🐿)所谓的“神之语(yǔ )言(yán )”，并建立电(✳)脑程式以启(qǐ )动原始(shǐ )索哈尔，进行和上(shàng )位领域的U-DO(上位领域当(dāng )中的红色(🌙)波动存(cún )在)连结的连结(jié )(⏯)实验，但很不幸(🌑)地，从上位领域流入下位领域的能量(liàng )造成(chéng )了(le )事(👓)象变移，使地球(🈴)(游戏(xì )中所谓的(🔔)“失落耶路撒冷(lěng )”)几乎(🎋)完从从(🐀)宇宙(zhòu )中“消失”，人类因(🈁)而被迫逃亡(🏉)，离开(kāi )地球。　　到了四千年多后(⛏)，在故事开(🃏)始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚(🔍)行星(Miltia)爆(bào )发了所(suǒ )(🥅)谓的米(mǐ )尔奇亚冲(📐)突事件，在此(cǐ )次(🆙)事(shì )件当中，米尔奇亚行星的人类(lèi )疑似(sì )遭到了(le )格(🚻)诺西斯(Gnosis)的(de )攻击，并(🎴)在(😉)冲(🚤)突事件(⛴)后(🏸)消失(shī )(💁)，但(⏺)事(🧥)件(jiàn )的(👅)真相却因为米(mǐ )尔(💕)奇(qí )亚的(de )消失而(ér )(💛)不为(wéi )人(rén )知。在事(shì )件后(🙅)，启动(🍾)原始(🎞)索(suǒ )(🚓)哈(📯)尔(ěr )（后来(lái )人类制造出了十二具索哈(🍝)尔(🐸)模拟体，因此原有的索哈(🏁)尔就(😻)被称之为原始(🐑)索哈尔）所需的神之(zhī )语言(📸)、原(yuán )始(shǐ )索(🏒)哈尔的研究成果、米尔奇亚(yà )的U.M.N.座标(biāo )等事物，都被封(😛)存在(zài )Y资料(liào )当中，而Y资料又被封存在百式观测用(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而(ér )这么做却引(yǐn )(🖨)起了(🐔)各方势力对M.O.M.O.的争夺，因(🚹)此(🚄)星(🤩)团(tuán )联(lián )邦(bāng )政府(游戏中统治各行星的(de )(💼)政府，英(yīng )文名(míng )Galaxy Federation)雇(gù )了(😓)一个名(míng )(🔷)叫(jiào )Ziggurat 8的(de )(🌵)生(shēng )化人(Cyborg)，以(yǐ )保(💃)护(🧗)M.O.M.O.的(de )安(ān )全。　　另一(✝)方面，在米尔(ěr )奇(🔷)亚(🤼)冲突事件(jiàn )结(🚌)束(shù )后(🦋)的(de )(😄)十(📀)几年，也就是(shì )大(🎄)约在游(yóu )戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公(gōng )司以(👻)对抗格诺西(xī )斯侵扰的(de )(🤥)名义，进(jìn )行(🥤)对格诺西斯(🦇)用战斗(dòu )兵(bīng )器(🐆)KOS-MOS的开发计(jì )划，但和当(dāng )时(shí )(🕰)多(🤜)使(🏟)用(yòng )合成人(📌)(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的(de )(⚾)是(✡)，KOS-MOS是个纯(chún )粹的机械制品(pǐn )。另一方(fāng )面，在EPI开始(shǐ )(♑)时，参与KOS-MOS开发计(jì )划的贝克达公司第一开发局(jú )研(🔼)究人员卯月紫苑，正乘(chéng )着当(dāng )时载有还(hái )没(🧀)正式启动(dòng )的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行(💍)旅途。但(♟)没想(🧦)到其太空船却被冲(chōng )(📔)著索哈尔而来的格(gé )诺西斯(sī )所攻击(jī )，而KOS-MOS也在此时突然(rán )(🏾)启动，卯月(🏆)紫苑因而(ér )被卷入一连(✝)串和(hé )格诺西斯及索(suǒ )(💳)哈(👲)尔有关的阴谋，以及会改(🌓)变人类(🐬)命运(yùn )的事件当中……