1999年，某个(gè )东西被卡(📼)车(chē )运出了馆山市(shì )。几天(tiān )后，哥(gē )斯拉登陆了馆山，特生自卫队出(🍖)动与之展开了苦战(🎾)。在战斗中，自卫队员家城茜(qiàn )(🚤)（釈(shì )由(yóu )美子 饰(🎩)）(🤷)意外(🛍)害死了战友叶山(shān )二尉（森末慎二 饰），自(zì )(🎫)己(jǐ )却侥幸(xìng )活了下来(lái )，并(bìng )(🚑)被派去(🕕)了资(zī )料科。　　另一方面，日本(🥁)政(🌚)府在柘(zhè )植(zhí )真智子(zǐ )首相(💱)（水(shuǐ )野久(🌊)美 饰）的指挥下，召集了汤(tāng )原(🤸)德(dé )光（宅(zhái )麻伸(🙉) 饰）等(děng )科(kē )学(xué )家开始(shǐ )研究对付哥斯拉(⛳)的(😍)G兵器。他们(🎋)以在馆山(🧟)冲(chōng )挖掘出来的初代哥斯(sī )拉(lā )骨骼(💹)为基础(🥊)，用了四年(nián )制成(🦇)了(😊)机械哥(gē )(🏻)斯(sī )(🐛)拉——3式(shì )机龙(🃏)。柘植首相辞职(zhí )(🐩)，由科(kē )(🔈)学技术厅长官五十(shí )岚隼(😙)人（中尾(🔤)彬 饰(📸)）就任(👵)新(♌)首相。同时，茜(🏴)被(bèi )派去了机龙队，担任机(jī )龙的(de )操作员。　(🏓)　就在准备(bèi )(👛)机龙(lóng )测(cè )试机动时(shí )(🍺)，哥斯拉(🛃)又在东京湾出现(📬)了(✖)。机龙赶(gǎn )赴现(🚩)场与(yǔ )哥斯拉(💁)对(duì )战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体(🐌)内的野兽灵魂，突然暴走，在城(🛌)市(shì )中造(🎞)成了大破坏。　　为(🗒)了(🏆)改良机龙，汤原改(🐸)变(biàn )了机龙(👔)DNA计(jì )算机的(de )碱构造，使机(jī )龙不会再(zài )受哥斯拉叫声(⛱)的干扰(📸)。但(🌽)由(yóu )于对再(zài )次暴走的担忧，五十岚迟迟不(bú )允许出动机(jī )龙。　　哥(gē )斯拉(lā )再度出现在(🍏)东京湾，一路(📒)无视特生自卫(wèi )队(🌄)的(de )攻(gōng )击(😯)来到了品川，令城(💦)市(😫)变成(chéng )(🌟)了一(yī )(🛥)片火(huǒ )海。面(🌥)对如此情景，五(wǔ )十岚终于(yú )同(tóng )意让机龙(lóng )出动(🔦)。　(🚬)　为了(le )打败哥(🍩)斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死(⏫)的觉悟。机龙和茜的战斗就(jiù )(🎅)这(🚰)样开(🈹)始了(le )(🏚)。